ncbi如何看基因多少bp

㈠ 現在正在做一個基因，查NCBI上顯示其基因大小為1510bp，而師兄師姐們都說這個基因大小為200多bp

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㈡ 怎麼在ncbi上查目的基因的長度和表達量

打開Pubmed後，在最頂上的下拉框中選中nucleotide, 然後輸入基因的名稱，這樣查出來的一般是mRNA序列如果在下拉框中選Gene，則查出來的一般是該基因的其他信息。注意，結果一般會有好多，選中你要的種屬。

㈢ 如何在NCBI上查找某一基因序列及其啟動子

定義：啟動子是參與特定基因轉錄及其調控的DNA序列。包含核心啟動子區域和調控區域。核心啟動子區域產生基礎水平的轉錄，調控區域能夠對不同的環境條件作出應答，對基因的表達水平做出相應的調節。 區域：啟動子的范圍非常大，可以包含轉錄起始位點上游2000bp，有些特定基因的轉錄區內部也存在著轉錄因子的結合位點，因此也屬於啟動子范圍。 這項搜尋要從UCSC基因組瀏覽器開始，網址為以編碼pendrin (PDS)的基因為例來說明上述問題。PDS與耳蝸的異常發育、感覺神經性聽力下降以及彌散性甲狀腺增大（甲狀腺腫）有關。 進入UCSC的主頁後，在Organism的下拉菜單中選擇Human，然後點擊Browser。使用者現在到了人類基因組瀏覽器入口。本例的搜尋很簡單：在assembly的下拉菜單中選擇Dec. 2001，在position框中鍵入pendrin，然後點擊Submit。返回的頁面結果顯示一個已知的基因和兩個mRNA序列。繼續點擊mRNA序列的登錄號AF030880，出現包含這個mRNA區域的圖解概要。為了獲得這個區域更清晰的圖像，點擊緊靠zoom out的1.5X按鈕。最後點擊頁面中部的reset all按鈕，使各個路徑的設置恢復默認狀態。 然而，對於本例的搜尋目的來說，默認設置不是理想的設置。按照視圖利用頁面底部的Track Controls按紐，將一些路徑設置為hide模式（即不顯示），其他設置為dense模式（所有資料密集在一條直線上）；另一些路徑設置為full模式（每個特徵有一個分開的線條，最多達300）。在考慮這些路徑內究竟存在那些資料之前，對這些路徑的內容和表現做一個簡要的討論是必要的，許多這些討論是由外界提供給UCSC的。下面是對基因預測方法的更進一步討論，這些信息也可以在其他地方找到。 對於Known Genes（已知基因）和預測的基因路徑來說，一般的慣例是以一個高的垂直線或塊狀表示每個編碼外顯子，以短的垂直線或塊狀表示5′端和3′端非翻譯區。 起連接作用的內含子以非常細的線條表示。翻譯的方向由沿著細線的箭頭指示。 Known Genes來自LocusLink內的mRNA參照序列，已經利用BLAT程序將這些序列與基因組序列進行比對排列。 Acembly Gene Predictions With Alt-splicing路徑是利用Acembly程序將人類mRNA和EST序列數據與人類基因組序列進行比對排列而來的。Acembly程序試圖找到mRNA與基因組序列的最好的比對排列以及判斷選擇性剪接模型。假如有多於1個的基因模型具有統計學意義，則它們都全部顯示出來。有關Acembly的更多信息可以在NCBI的網站找到（http://www.ncbi.nih.gov/IEB/Research/Acembly/）。 Ensembl Gene Predictions路徑由Ensembl提供。Ensembl基因通過許多方法來預測，包括與已知mRNA和蛋白質進行同源性比較，ab initio基因預測使用GENSCAN和基因預測HMMs。 http://www.ebi.ac.uk/ensembl/ Fgenesh++ Gene Predictions路徑通過尋找基因的結構特徵來預測基因內部的外顯子，例如剪接位點的給位和受位的結構特徵，利用一種動態的程序演算法推定編碼區域和推定外顯子5′端和3′端的內含子區域；這個方法也考慮到蛋白質相似性的資料。 Genscan Gene Predictions路徑由GENSCAN方法衍生而來，通過這個方法，可以確定內含子、外顯子、啟動子區域和poly(A)信號。此時，這個方法並不期望查詢的序列只出現1個基因，因此可以對部分基因或被基因之間的DNA分隔的多個基因進行准確的預測。 Human mRNAs from Genbank路徑顯示基因庫的人類mRNAs與基因組序列的比對排列。 Spliced ESTs和Human EST路徑顯示來自GenBank的ESTs序列與基因組的序列對齊比較。由於ESTs通常代表了轉錄基因的片斷，一個EST很有可能對應於某個外顯子區。 最後，Repeating Elements by RepeatMasker這個路徑顯示的是重復元件，例如散在的或長或短的核元素(SINEs和LINEs)，長末端重復序列(LTRs)和低復雜性區域(http://repeatmasker.genome.washington.e/cgi-bin/RepeatMasker)。一般來說，在將基因預測方法應用於核苷酸序列之前，需要去掉或掩飾這些成分。 回到視圖顯示的例子，可以看到大多數路徑返回了幾乎同樣的基因預測結果。作為一個規則，通過多種方法預測的外顯子提高了預測的正確率而不會出現「假陽性」結果。多數方法顯示3′端非翻譯區，以左側大而短的塊狀表示。Acembly路徑顯示除了全長序列產物（如這個部分第3條線所示）之外還有3個可能的選擇性剪接，其它大多數路徑顯示與此預測結果相符。Genscan路徑從左、右方嚮往遠處延伸：GENSCAN可以被用於預測多個基因。 盡管這些圖解概要很有用，然而研究者更需要與這些垂直線或塊狀相對應的序列。以此為例，用Fgenesh++預測作為獲得原始序列數據的基礎，但不管選擇哪個路徑其步驟都是一樣的。點擊標有Fgenesh++ Gene Predictions的路徑，出現的是一個描述預測的概要頁面。 序列的區域與pendrin基因相似（從這個例子一開始就已經知道了）。給出了序列的大小及序列開始和結束的預測，並顯示預測是以負鏈為基礎的。想要獲得序列，點擊Genomic Sequence。使用者將被帶到一個標題為Get Genomic Sequence Near Gene的查詢頁面，在這個頁面上，可以獲得轉錄物、編碼區、啟動子或轉錄物加啟動子的序列。 點擊Transcript返回的頁面顯示完整的轉錄子，外顯子以大寫字母表示。 點擊Coding Region Only得到的是編碼區,外顯子以大寫字母表示。 點擊Transcript + Promoter，返回的頁面顯示的是在上述選擇Transcript所獲序列的5′端添加了啟動子序列，以大寫字母表示外顯子。啟動子的長度顯示在文本框內。 點擊Promoter返回的頁面正好是啟動子區。

㈣ 怎樣在NCBI中查找基因

找幾個近源的物種的該基因clustal，找出幾個長度大於20的保守區，在這幾個保守區域拉幾條引物，放到primer5里評一下分，找一對分數高的引物，產物長度200-1000bp都可以，擴去就行了。如果找不到完全一致的引物，就在不一樣的那個鹼基上設計成簡並的。
如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名稱檢索界面輸入就好。 因為提交NCBI上的基因組都有預測CDS的，上面都標出每個CDS的可能功能及相應蛋白或酶的名字 如果不知道基因名字，可以通過做比對來判斷，可以嘗試一下用BIOED

㈤ 如何在NCBI查找一個已知植物基因的啟動子序列,求詳細步驟,非常感謝！

首先選擇Gene的標簽，輸入基因名，然後點擊搜索，然後出來一大堆基因，選擇你的那個物種的基因，點擊，進去看一下，選擇Mapviewer然後找到序列，選擇基因的外顯子上游2000bp，下載。。。

㈥ 怎麼從NCBI上查某個基因序列

1、打開NCBI

網路搜索鍵入「NCBI」，點擊「搜索」，第一個就是官方主頁，點擊打開。

㈦ 知道基因序列號,引物上下游,怎麼知道P出來是多少bp

首先，你可以去http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene 上用你的基因序列號查出基因的序列，然後用一些軟體（oligo，primer等）找到引物的定位，上下游引物之間的序列就是PCR產物了。

㈧ 怎麼在NCBI裡面找到目的基因的CDS

怎麼在NCBI裡面找到目的基因的CDS
找幾個近源的物種的該基因clustal，找出幾個長度大於20的保守區，在這幾個保守區域拉幾條引物，放到primer5里評一下分，找一對分數高的引物，產物長度200-1000bp都可以，擴去就行了。如果找不到完全一致的引物，就在不一樣的那個鹼基上設計成簡並的。
如果知道要找的基因的名字是可以很快的找到要找的序列，在基因名稱檢索界面輸入就好。 因為提交NCBI上的基因組都有預測CDS的，上面都標出每個CDS的可能功能及相應蛋白或酶的名字 如果不知道基因名字，可以通過做比對來判斷，可以嘗試一下用BIOED

㈨ 怎樣在ncbi中查找基因組序列

怎樣在ncbi中查找基因組序列
啟動子是參與特定基因轉錄及其調控的DNA序列。包含核心啟動子區域和調控區域。核心啟動子區域產生基礎水平的轉錄，調控區域能夠對不同的環境條件作出應答，對基因的表達水平做出相應的調節。 區域：啟動子的范圍非常大，可以包含轉錄起始位點上游2000bp，有些特定基因的轉錄區內部也存在著轉錄因子的結合位點，因此也屬於啟動子范圍。