怎樣看力場文件中原子的對應

A. 如何對gromacs中的OPLS力場參數進行修改

簡單的說一下3.3.1版本的OPLS力場如何添加吧
gromacs中OPLS力場涉及文件為
ffoplsaa.atp （原子在力場中的編號）
ffoplsaa.itp （力場的形式，混合規則，參考文獻，在哪個文件中包含鍵，角，二面角勢能參數，哪個文件中包含非成鍵的勢能參數，等等）
ffoplsaabon.itp （鍵，角，二面角勢能參數）
ffoplsaanb.itp （非成鍵的勢能參數，主要是LJ勢能和靜電作用）
－－－－－－我是不華麗的分割線－－－－－－－－－－－－
在atp文件中給新原子一個新編號，然後在ffoplsaabon.itp 和ffoplsaanb.itp 中加入力場參數基本就可以了。
在添加過程中注意參數的單位和形式，尤其是二面角的，gromacs不是用的傅立葉形式，而文獻中OPLS力場一般都是給的傅立葉形式。轉換關系在manual裡面有
PS：如果要添加新的殘基，還需要在*.rtp，*.ddb和*.hdb文件中做一點修改，具體修改可以參考manual。
在具體使用的時候，可以給每個殘基寫一個itp，然後在一個top文件中將所有itp文件整合起來。具體可參見例子裡面對水的top文件的描述。
當然，也可以將所有信息寫在一起，但是那樣會非常非常的不好看，一般過1個月就基本忘了當初寫的是什麼了。如果你的分子還是有那麼7～8個原子，還是分開寫的好。

B. dmol3結果文件能看每個原子的的能量嗎

dmol3結果文件能看每個原子的的能量
Dmol3是獨特的密度泛函理論量子力學軟體，可以研究氣相、溶液、表面和固體系統。由於它獨特的靜電學近似，Dmol3一直是最快的分子密度泛函計算方法之一，使用非局域化的分子內坐標，可以快速優化分子和固體系統的結構。
使用LST/QST演算法和共扼梯度結合，Dmol3可以有效地搜索過渡態，避免了耗時的黑塞矩陣的計算。過渡態搜索功能可以應用於分子和周期系統。
CASTEP基於總能量的平面波贗勢理論，運用原子數目和種類來預測包括晶格參數、分子對稱性、結構性質、能帶結構、固態密度、電荷密度和波函數、光學性質。高效並行版本可以模擬包含數百原子的大系統。

C. 力場中的原子類型指的是

力場中的原子類型指代的就是原子形式或者參數不一樣。

一個力場通常包括三個部分：原子類型，勢函數，和力場參數。也就是說不同的力場，他們的函數形式可能不一樣，或者函數形式一樣而力場參數不一樣。

分子力場有很多，比如生物模擬常用的AMBER， CHARMM， OPLS， GROMOS，材料領域常用的CFF， MMFF， COMPASS等等。

力場參數的背後

由於力場參數是擬合訓練基分子得到的，遷移性問題還包括狀態遷移性問題，就是說所擬合的實驗數據是常溫常壓下測量的，然後你模擬的可能是高溫高壓下的，那麼分子力學的准確性也會降低。這些都屬於分子力場的局限性。

分子力場參數都是擬合特定分子的數據而生成的，比如，面向生物模擬的力場選擇生物領域的分子模擬得到參數，而材料的，則側重選擇材料方面的分子。這些被擬合的分子成為訓練集(training set)。

D. dmol3結果文件能看每個原子的的能量嗎

在properties 勾選上population analysis，算完後，分析的時候population analysis，單擊assign，然後在結構圖的窗口中label－》spin，可以顯示每個原子的磁矩

E. 如何獲得potcar裡面原子最大能量值emax

如何獲得potcar裡面原子最大能量值emax
可以理解為分子力學模擬中的力場文件 但包括的信息更多
VASP4.6將各元素優化的INCAR里的參數也包括在這里了，作為支持PREC的預設選擇
通常各元素的POTCAR已經包括在軟體包里了
我們只需要按照POSCAR里的順序，將各元素的POTCAR按順序連接起來就可以了

F. 如何直觀看出ms中.xsd文件中原子個數

您好，我來為您解答：
右鍵選擇display style ----Lattice----在style下面選擇original，
這樣你就能看到你所建模型有幾個原子了。
如果我的回答沒能幫助您，請繼續追問。

G. 原子中心力場近似是什麼概念啊結構化學的！

在多電子原子中，除了核對電子有靜電引力外，電子之間還有排斥作用。

量子化學（結構化學）中有很多種方法描述這些排斥力，以便建立薛定諤方程中的勢能算符，解薛定諤方程。中心力場是比較簡單的方法。

中心力場法是將原子中其他電子對某一個電子的排斥作用，看成是球對稱的，只與徑向有關的力場，與角度無關。這樣某個電子受到其他電子的排斥作用可看做與核對電子的靜電引力方向相反，相當於減少了核的吸引。